Музей истории университета ведет свое начало от учебного исторического музея, созданного в мае 1950 года доцентом Я. Г. Рубиным.
Часть его фонда составила первооснову музея истории ДГУ, который образовался по приказу ректора В. И. Моссаковского 30 марта 1968 года в помещении 2-го корпуса (пр. К. Маркса, 36). А потом был переведен в 1-ый корпус.
Большая заслуга в становлении и расцвете музея принадлежит Е. К. Ефремовой, которая в течение многих лет работала заведующей.
С 2005 года музей с обновленной экспозицией работает во Дворце студентов.
